帳票データCSV一括取込後、複数帳票のうち1件だけ差替発行できますか？

対応できます。

差し替えたい1帳票分のCSVデータを作成し差替発行すれば、対象の1件だけが差し替えられ、差し替え対象ではない帳票はそのまま変更されずに残ります。

差替発行の手順は、差替発行の手順をご確認ください。

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