帳票PDFとあわせてCSVファイルも発行している時、両方をダウンロードしないと「お客様DL」は「済」になりませんか？

いいえ。
帳票PDF・CSVのいずれかをダウンロードいただければダウンロード済となりますため、「お客様DL」のステータスは「済」となります。

（記事ID：2022）